在郑无空与几位太医在武帝御前会诊时，义妁大胆提出了一种可能，郑无空十分支持，但几位太医都觉得很荒谬。
义妁的“冒言”引来了武帝的兴趣，在得知义妁的经历之后，武帝同意按照义妁的诊断被太后施治，最后太后的病情果然大为好转。义妁因此被特许入太医院，专为宫中女眷看病。
在太医院中，义妁接触到了不少生父的同僚，也从他们口中对自己的亲生父亲有了一个更清晰的认识，这愈发坚定了她为父亲洗刷冤屈的决心。
在义妁收集相关证据的同时。她的真实身份却不慎被父母的仇人太医令丞崔府志得知，对方故技重施，利用宫中张贵妃洗过温泉浴后无故昏迷事故陷害郑无空、义妁。
不明真相的武帝将郑无空、义妁师徒下狱，定为死罪，亏得王太后念及二人为她医好怪病的功劳，向武帝求情，免去死罪，改为发配边疆。
崔府志一计不成又施一计，打通关系将义妁的发配地改为了敦煌郡，那里是汉朝与匈奴作战的前线，被发配那里的罪人基本上九死一生，有去无回。
郑无空在发配途中不幸逝世，义妁克服重重困难来到了敦煌，并且继承了郑无空的遗志，继续发挥医术治病救人，很快便赢得了当地百姓和驻军的尊重。
在长安的王太后在一次偶然的情况下关心起了义妁的情况，命人一查才得知有人偷偷篡改了皇帝的意图，将义妁的发配地改成了敦煌。
武帝从王太后口中得知此事之后大为震怒，处理了相关官员，同时赦免了义妁的罪行，下旨招她重回长安。
然而崔府志并未放弃陷害义妁的机会，千方百计要把她害死，可惜事与愿违，义妁终于查清昔ri贵妃昏迷的真正原因，她大着胆子向武帝请求，为已去世的郑无空翻案，亦替蒙冤多年的生父洗脱冤情。
崔府志被武帝处死，义妁在太医院用心钻研医术，刻苦寻找治疗各种疾病的处方，太医院的御医们也渐渐抛开成见，接受义妁的医术地位。最后义妁凭个人的努力、jing湛的医术、无限的爱心和无私的关怀，成为汉武帝亲封的女国医。
林宥伦借鉴了《大长今》的剧情框架，同时又根据历史上义妁做了改变，这部电视剧的名字就叫《女国医》。
剧情方面剩下了林宥伦不少的工夫，但是幕后的一些相关工作却没法省，比如说研究考据汉代人的生活习惯，这些都必须要请专门的学者来帮助。
《大长今》让朝鲜服广为人知，以此为借鉴，林宥伦准备在《女国医》中把汉服做一次集中的展示，这些也都需要专业人士的细致考究。
除了服装之外，还有就是影片拍摄场地的问题。
这部电视剧要在11月上映，临时搭建场景显然不现实，不过好在去年的时
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